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Autodock/Vina plugin for PyMOL

Original site of Daniel Seeliger.

Tutorials:


Sintaxis de ejecución de vina en SO windows 7/8.1/10:
"C:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --config l-LMGP03010029.vina_config.txt --log l-LMGP03010029.log --cpu 2
Incluye esta línea de código en un fichero *.bat y coloca este fichero en la misma ruta que tengas los ficheros restantes (mira la imagen siguiente).

Ejemplo de un fichero *.vina_config.txt para docking del compuesto l-LMGP03010029 y con cadenas laterales flexibles de los aminoácidos del sitio de unión del ligando (l-LMGP03010029) en el receptor (1K4Ctetramer3a).

receptor = receptor.1K4Ctetramer3a.rigid.pdbqt
flex = receptor.1K4Ctetramer3a.flexible.pdbqt
ligand = l-LMGP03010029.pdbqt
center_x = 168.86
center_y = 139.1
center_z = -32.06
size_x = 24.00
size_y = 24.00
size_z = 24.00
out = l-LMGP03010029.docked.pdbqt
log = l-LMGP03010029.vina.log
num_modes = 100
--cpu 2 Indica a vina que use 2 cores de CPU de la máquina que ejecute el programa (vina computa en paralelo). No necesariamente más cores hace más rápido el trabajo.

Sintaxis de ejecución de vina en SO Linux Ubuntu:
/home/user/vina/autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina --config LMGP06010007.vina_config.txt --log LMGP06010007.log --cpu 2

Ejemplo de un fichero *.vina_config.txt para docking del compuesto LMGP01010564 y con cadenas laterales flexibles de los aminoácidos del sitio de unión del ligando (LMGP01010564) en el receptor (1K4Ctetramer3a).

receptor = /home/user/vina/1K4C/receptor.1K4Ctetramer3a.rigid.pdbqt
flex = /home/user/vina/1K4C/receptor.1K4Ctetramer3a.flexible.pdbqt
ligand = /home/estudiante/vina/1K4C/LMGP01010564.pdbqt
center_x = 168.86
center_y = 139.1
center_z = -32.06
size_x = 24.00
size_y = 24.00
size_z = 24.00
out = /home/user/vina/1K4C/LMGP01010564.docked.pdbqt
log = /home/user/vina/1K4C/LMGP01010564.vina.log
num_modes = 100

En un cluster instalado con Linux Rocks en el que esté disponible "CONDOR" con los siguientes scripts (/home/user/vina/user.condor y /home/user/vina/launch_jobs.py) puede ejecutarse de forma automática los cálculos para cuantos ligandos quieras testar.

##############################
##
##    user.condor file for vina
##
##############################

Universe        = vanilla

# Memoria en MB
request_memory = 2048

# Numero de CPUS
Cpus = 2
request_cpus = $(Cpus)

# Intervalo de ejecucion (en minutos desde las 0:00h) Ejemplos:
#    Ejecuta trabajos entre las 15:00h y las 20:00h
#        Requirements = (ClockMin >= 900 ) && ( ClockMin <= 1200 )
#    Ejecuta trabajos entre las 21:30h y las 7:30h
#        Requirements = (ClockMin >= 1290 ) || ( ClockMin <= 450 )

# Requirements = (ClockMin >= 1290 ) || ( ClockMin <= 450 )

# Ubicacion de ficheros 
InputDir	= $(path)

# Ejecutable
Executable = /media/common/apps/vina/vina

InitialDir      = $(InputDir)

# Argumentos para el ejecutable
Arguments = "--cpu $(Cpus) --config $(config)"

Queue

##############################
##
## launch_jobs.py
##
##############################

#!/usr/bin/python

import os
main_path='/media/home/user/vina/06-SL/' # Ruta de los ficheros *.vina_config.txt
for f in os.listdir(main_path): # Listado de todos los archivos de main_path
    if f.endswith('.txt'): # Contempla únicamente ficheros *.txt
        os.system('condor_submit -a path=%s -a config=%s user.condor'%(main_path,f))