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Escenas de Pymol presentadas con Jmol en una página web.

Este tutorial ha sido escrito con la colaboración de Jaime Prilusky a quien agradezco su ayuda y detalladas explicaciones. PyMol es un potente software que permite la visualización de estructuras moleculares, y que genera escenas propias con extensión PSE. A continuación se describe como mostrar esas escenas en páginas web con la ayuda de Jmol.


El primer paso es convertir el archivo .PSE a PNGJ con la aplicación Jmol (Jmol.jar) corriendo en tu computadora.

Este archivo PNGJ conviene crearlo con extension .PNG y así otros programa pueden, al menos, mostrar la imagen estática de la estructura. El archivo PNGJ contiene en su interior todos los elementos necesarios para que Jmol/JSmol puedan mostrar la estructura en 3D en una página web.

Para exportar el archo PSE a PNG, debes abrirlo con Jmol.jar, y seguidamente abrir una consola y escribir:
write PNGJ dna.png ¡Mira la captura de pantalla justo debajo!


Puedes encontrar Jmol.jar en http://chemapps.stolaf.edu/jmol/zip/ descargando jmol-13.1.19_2013.07.11.zip (o la versión más actualizada en cada momento) que lo incluye, junto a Jsmol que debes tener copiado en una carpeta accesible en tu servidor. En mi caso, en el directorio accesible con la URL http://shaker.umh.es/jsmol/ y además, debes colocar el archivo PNGJ en otro directorio accessible con el URL http://shaker.umh.es/pngj/

Debes crear en otra ubicación un fichero *.htm, *.asp, etc con el código que queda debajo, convenientemente modificado acorde a tu URL, nombre del archivo *.PNG, etc. Como ejemplo, yo he creado el fichero default.asp en la URL http://shaker.umh.es/PSE-to-jsmol/

NOTA: algunas escenas tardan en cargarse unos segundos... no desesperes!