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Lanzar scripts de Python en el cluster Horus.ibmc.umh.es

Después de haber creado, para el usuario correspondiente en el cluster HORUS, el arbol de directorios correcto para que funcione Foldx, y que incluye:

drwxrwxr-x 25 jant jant 4096 Apr 1 13:18 CALCULO
drwxrwxr-x 20 jant jant 4096 Apr 1 13:17 foldx

Colocamos dentro de CALCULO las carpetas con los datos de partida, en el ejemplo, las necesarias para ejecutar el script combinaciones_28bp.py; concretamente 16...

drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 12:34 combinaciones_R1IVO_EGFR
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 12:38 combinaciones_R1IVO_ERBB2
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 12:39 combinaciones_R1IVO_ERBB3
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 12:42 combinaciones_R1IVO_ERBB4
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 12:58 combinaciones_R2_EGFR
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 13:05 combinaciones_R2_ERBB2
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 13:06 combinaciones_R2_ERBB3
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 13:06 combinaciones_R2_ERBB4
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 13:12 combinaciones_R3_EGFR
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 13:12 combinaciones_R3_ERBB2
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 13:13 combinaciones_R3_ERBB3
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 13:13 combinaciones_R3_ERBB4
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 13:20 combinaciones_R3U7U_EGFR
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 13:20 combinaciones_R3U7U_ERBB2
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 13:21 combinaciones_R3U7U_ERBB3
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Apr 1 13:22 combinaciones_R3U7U_ERBB4

y en directorio foldx otras tantas con el script combinaciones_28bp.py

drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 11:41 combinacionesR1EGR
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:53 combinaciones_R1IVO_EGFR
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:47 combinaciones_R1IVO_ERBB2
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:56 combinaciones_R1IVO_ERBB3
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:50 combinaciones_R1IVO_ERBB4
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:55 combinaciones_R2_EGFR
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:54 combinaciones_R2_ERBB2
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:48 combinaciones_R2_ERBB3
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:54 combinaciones_R2_ERBB4
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:52 combinaciones_R3_EGFR
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:42 combinaciones_R3_ERBB2
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:41 combinaciones_R3_ERBB3
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:44 combinaciones_R3_ERBB4
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:51 combinaciones_R3U7U_EGFR
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:50 combinaciones_R3U7U_ERBB2
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:52 combinaciones_R3U7U_ERBB3
drwxrwxr-x 2 jant jant 4096 Apr 1 13:22 combinaciones_R3U7U_ERBB4
drwxrwxr-x 3 jant jant 4096 Mar 3 20:50 py

En cada folder combinaciones* debemos incluir el archivo *.sh que permitirá lanzar qsub.

Lanzaremos R3U7U_EGFR.sh desde /foldx/combinaciones/R3U7U_EGFR/ como qsub R3U7U_EGFR.sh

Editamos R3U7U_EGFR.sh con el programa Sublime Text 2, con otro puede rdar errores y no se lanza el trabajo.

Con qdel job-ID "matamos" un trabajo lanzado. Ej. qdel 66 para terminar con el trabajo: R2_ERBB3 de la figura que capturamos debajo.

Con qstat vemos la siguiente estadística:

Siguiendo la actividad del cluster, vemos la siguiente imagen: