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Running Autodock/Vina for Windows 7/8.1/10

Podemos ejecutar Autodock/vina en Windows 7 / 8.1 / 10 siempre que instalemos los siguientes programas que puedes descargar del siguiente fichero RAR, lo descomprimes en tu disco duro e instalas secuencialmente:
→ python-2.5.2.msi
→ numpy-unoptimized-1.7.1.win32-py2.5.exe
→ pymol-1.3r2.win32-py2.5.exe
→ mgltools_win32_1.5.6rc2_Setup.exe
→ autodock_vina_1_1_2_win32.msi.
→ Finalmente, desde PyMol instala el plugin de vina con autodock_xp_7_096.py

Para este ejemplo mi directorio de trabajo es D:\pymol-vina y en Pymol he cargado la molécula 4I24protein.pdb como receptor y 4I24ligando.pdb como ligando.


Ahora podemos abrir el pluguing vina desde Pymol (ver imagen inferior).


La ventana que se abre al activar vina tiene diferentes pestañas que iremos utilizando secuencialmente. En primer ligar usaremos la pestaña de configuration (ver imagen inferior). Cuidado con seleccionar bien las rutas correctas de nuestros scripts y ejecutables. En el ejemplo recojo las mias...


Podemos guardar un archivo con esta configuración: *.conf

En la pestaña Grid Settings definimos la caja con centro en el ligando sobre la que realizará vina un proceso de docking. Si elejimos una caja muy grande alguno de los ligandos puede "unirse" en un sitio diferente al del ligando cristalográfico, en cada caso debemos saber qué buscamos y qué nos interesa encontrar... El ligando cristalográfico (4I24ligand en mi caso) localizamos el centro del Grid y con ello salvamos un fichero config.txt con esas coordenadas.


config.txt es un fichero de texto como el la siguiente imagen...


En la pestaña Receptor al seleccional 4I24protein y pulsar sobre el botón Generate receptor --> vina va a generar dos ficheros nuevos: receptor.4I24protein.pdb y receptor.4I24protein.pdbqt (ver la siguiente imagen).


Sobre la pestaña Ligands vamos a Importar las estructuras de las moléculas en formato *.mol2 localizadas en mi caso en D:/pymol-vina ...


En D:/pymol-vina he dejado solo 3 ligandos (obviamente puedo poner tantos como quiera chequear, todo es una cuestioón de tiempo de cálculo...) y cuando presiono en el botón Import me aparecen en la caja central "Ligand list".


Voy a pulsar el botón "Generate all" para que se generen de cada ligando a fichero *.pdbqt


En la pestaña "Docking" selecciono "100 poses" y presiono el botón "Run Vina"... se abrirá una ventana de comandos y vina empezará su proceso de cálculo... en el que se aprovecharán tantas CPUs y tantos "cores" como estén disponibles en tu computador (2 cores en el ejemplo siguiente). Esta ventana se cerrará automáticamente cuando termine el cálculo.

Ejemplo de fichero ligand.vina_config.txt

receptor = "D:\folder\receptor\receptor.pdbqt"
ligand = "D:\folder\ligand.pdbqt"
center_x = 25.56
center_y = 10.3
center_z = 20.87
size_x =  22.00
size_y =  22.00
size_z =  22.00
out = "D:\folder\receptor\ligand.docked.pdbqt"
log = "D:\folder\receptor\ligand.vina.log"
num_modes = 100
exhaustiveness = 20
cpu = 2

Listado completo de comados en el fichero ligand.vina_config.txt

Input:
 --receptor arg # rigid part of the receptor (PDBQT)
 --flex arg # flexible side chains, if any (PDBQT)
 --ligand arg # ligand (PDBQT)
Search space (required):
 --center_x arg # X coordinate of the center
 --center_y arg # Y coordinate of the center
 --center_z arg # Z coordinate of the center
 --size_x arg # size in the X dimension (Angstroms)
 --size_y arg # size in the Y dimension (Angstroms)
 --size_z arg # size in the Z dimension (Angstroms)
Output (optional):
 --out arg # output models (PDBQT), the default is chosen based on the ligand file name
 --log arg # optionally, write log file
Misc (optional):
 --cpu arg # the number of CPUs to use (the default is to try to detect the number of CPUs or, failing that, use 1)
 --seed arg # explicit random seed
 --exhaustiveness arg # (=8) exhaustiveness of the global search (roughly proportional to time): 1+
 --num_modes arg # (=9) maximum number of binding modes to generate
 --energy_range arg # (=3) maximum energy difference between the best binding
 mode and the worst one displayed (kcal/mol)
Configuration file (optional):
 --config arg # the above options can be put here
Information (optional):
 --help # print this message
 --version # print program version

En el directorio D:/pymol-vina nos han aparecido nuevos ficheros *.log (uno por cada ligando, y contienen la energia calculada por el campo de fuerzas de vina para cada una de las poses de cada ligando ordenadas de menor a mayor) y *.docked.pdbqt (también uno por cada ligando, puede se abierto con PyMol para disponer de las distintas poses calculadas de cada ligando).


Un fichero *log tiene un contenido como el que se ve en la siguiente imagen.


En la pestaña "View poses" podemos importar los ficheros *.docked.pdbqt siempre que sean pocos, cuando hay muchos PyMol deja de funcionar...


Podremos seleccionar la pose de mejor energia de unión y que PyMol la presente en el sitio de unión del ligando cristalográfico...


En la pestaña "Score/Rank" tendremos listados de menor a mayor energia de unión (Kcal/mol) las mejores poses de cada ligando putativo.



Versión portable de Pymol + Autodock/Vina for Windows XP/7/8.1/10


Puedes descargar una versión "portable" de PyMol + vina que funciona en windows XP/7/8.1/10