Guia para usar Jmol --> Introducción

Jmol es una miniaplicación (en inglés, applet), es decir, un programa escrito empleando el lenguaje Java y que se ejecuta dentro de una página web.  Permite la visualización de modelos moleculares en páginas web a partir de archivos de coordenadas moleculares incluidos en dichas páginas.

Los archivos de coordenadas moleculares que son leídos por Jmol tienen formatos correspondientes a distintos programas de visualización molecular. El formato más corrientes para estructuras de proteínas y ácidos nucleicos determinadas experimentalmente es el de la base de datos Protein Databank (PDB) mantenida por Research Collaborative for Structural Bioinformatics.

Básicamente todos ellos son  archivos en formato de texto donde se encuentran una serie de números y letras que definen los tipos y situación espacial de los átomos y los enlaces que posee una molécula. Estos valores se determinan por resonancia magnética nuclear (RMN) o por difracción de rayos X. La creación de archivos de coordenadas moleculares de biomoléculas a partir de ellos es muy compleja y la llevan a cabo especialistas en macromoléculas utilizando complicados programas informáticos.

Jmol ha sido creado por voluntarios y es de libre distribución y código abierto. Es compatible con el juego de instrucciones de RasMol, un programa de visualización molecular creado por Roger Sayle de la Universidad de Edimburgo y el Departamento de Estructura BioMolecular, Investigación y Desarrollo de Glaxo, en Greenford, Reino Unido.

¿Qué hace Jmol?

La imagen de la izquierda es simplemente una imagen estática de un modelo molecular.

En el recuadro de la derecha, si Java está instalado correctamente en el navegador, se puede ver la misma imagen pero visualizada mediante Jmol. Estos modelos moleculares no son imágenes estáticas, son "moléculas activas” y sobre ellas se pueden realizar distintas operaciones.

Como ves, en la derecha la estructura se está moviendo y si colocas encima de ella el puntero del ratón, y pulsas el botón derecho, aparece un nuevo menú...

Imagen no producida por Jmol Imagen producida por Jmol

A partir de ahora, siguiendo las indicaciones de las distintas secciones del menú, aprenderás a hacer múltiples manipulaciones sobre los modelos moleculares que se ven en esta web.


Si no ves un modelo molecular en el recuadro de la derecha es que no tienes instalado Java en tu ordenador. Para instalarlo haz clic aquí.


Créditos

Dra. Mª Belén Garrido Garrido, Dr. Angel Herráez

Dr. José Antonio Encinar. (IBMC-UMH)