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Research → Research tools → Búsqueda bibliográfica en Pubmed.

OBJETIVO

Adquirir las nociones básicas para hacer búsquedas bibliográficas en la base de datos MedLine, utilizando Internet. En la actualidad se publican artículos en más de 4.000 revistas científicas en el ámbito de la "Biociencia". Esto hace necesario disponer de herramientas informáticas que permitan la consulta ágil de dicha bibliografía científica. Nada mejor, a tal efecto, que hacerlo a través de Internet.
La dirección de Internet en la que se puede acceder a dicha base de datos de forma gratuita es: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

Una vista de la pantalla a la que se llega es la siguiente:


INTRODUCCIÓN

La Ciencia actual resulta de una tremenda especialización y cada científico suele abarcar una pequeña parcela de conocimiento. Así pues, nuestro interés al hacer una búsqueda bibliográfica debe reflejarse en el establecimiento de una "estrategia de búsqueda bibliográfica". Esta se construye a base de encontrar "palabras clave", o bien nombres de autor, revista científica, año de publicación, etc.

En esta base de datos no podemos encontrar todas las revistas que se publican pero sí la mayoria del campo de las biociencias. A modo de ejemplo, podemos iniciar nuestra búsqueda por autor: ENCINAR JA tiene las siguientes publicaciones.

El resultado de la búsqueda muestra que el autor tiene recogidos 32 artículos en la base de datos. Sin embargo uno de ellos: Design and optimization of multi-stepped waveguide applicators for medical applications. Rebollar JM, Encinar JA. J Microw Power. 1984 Dec;19(4):259-67. no es realmente del autor. Dicho de otra forma, hay dos autores que firman con el mismo nombre sus artículos. Si leemos el ABSTRACT de este artículo nos daremos cuenta de que su contenido no tiene nada en común con los otros 31 restantes.

Uno de los artículos que ha publicado el autor no se encuentra recogido en dicha búsqueda: Echabe, I., Encinar, J.A. and Arrondo, J. L. R.: "Effect of noise on the obtention of protein structure by band decomposition of the infrared spectrum." Biospectroscopy 3, 469-475. (1997). Este ejemplo nos debe dejar claro que hay publicaciones que no están recogidas en esta base de datos.

Sin embargo, lo habitual es generar una estrategia de búsqueda empleando palabras clave relacionadas con el tema de investigación que estamos realizando. Supongamos que nos interesa el efecto de la fosforilación por tirosin-quinasas de los serotipos A y E de la toxina botulínica. Podemos generar una estrategia que incluya las palabras (en inglés): BoNt and structure y obtendremos la siguiente lista de resultados. Evidentemente cuantas más palabras clave empleemos más restrictiva será dicha búsqueda, siempre separadas por descriptores booleanos: AND, OR.

Probablemente no nos interesen todos los artículos resultantes de la búsqueda, sino simplemente algunos que señalaremos convenientemente:


La información que nos presenta la búsqueda puede tener varios formatos, en esta figura podemos observar un DISPLAY como ABSTRACT REPORT, que incluye de cada artículo primer título del artículo, autores, revista, año, volumen (número) y páginas. También incluye el PMID, que es el número de registro de este artículo en esta base de datos, así como un enlace que pérmite la búsqueda automática de artículos relacionados.

Si queremos consultar el Abstract no tenemos más que "cliclear" sobre las palabras que tienen un vínculo activado ... A modo de ejemplo visitaremos el enlace para el artículo: Botulinum neurotoxin: a marvel of protein design. Montal M. Annu Rev Biochem. 2010;79:591-617. y podremos ver la información que se muestra para dicho artículo, como se observa en la siguiente figura.


Es importante destacar que en el margen superior derecho hay un icono que conecta directamente con la versión en PDF de este artículo. Evidentemente, el acceso al PDF de cualquier artículo dependerá de las suscripciones bibliográficas de la institución publica (Universidades, Centros de Investigación, Hospitales, etc.) o privadas (empresas, etc.) desde donde nos conectemos a Internet para realizar esta búsqueda.

Puede resultarnos de interés pedir que el servidor nos muestre la información en formato de texto según el formato MEDLINE REPORT como se muestra en la siguiente figura:


La base de datos nos devuelve la información disponible en un formato de texto y la distribuye por campos: PMID- 20233039, OWN - NLM, STAT- MEDLINE, etc. como se ve en la siguiente figura:


Esta información se puede guardar en formato de texto y puede importarse por el programa Reference Manager v12, creando nuestra propia base de datos con los artículos que nos interesan. En la práctica 5b trabajaremos con este programa.

ELEMENTOS DE PARTIDA

Web de PubMed y web de ISI web of Knowledge.

EVALUACIÓN

Se pedirá a cada alumno que realice dos búsquedas bibliográficas:

1) Para el autor MacKinnon R debe pedirse al motor de búsqueda de PubMed que presente la información en formato MEDLINE y guardar la información obtenida en un fichero *.txt.

2) Para un tema de investigación: "Efecto de la matriz lipídica sobre la estructura y función del canal de potasio KcsA", para lo cual deberá generar una estrategia de búsqueda con las palabras clave adecuadas. Guardar el resultado en un fichero *.txt con la información obtenida en formato MEDLINE.

Los ficheros resultantes de ambas búsquedas serán utilizados en la práctica 5B para generar sendas bases de datos usando el programa Rerefence Manager v12.