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Research → Research tools → Gestión bibliográfica con Reference Manager v12.

OBJETIVO

Con el presente ejercicio se pretende aprender a utilizar el programa de gestión de referencias Reference Manager v12 (versión de DEMOSTRACIÓN). Este programa permite gestionar miles de referencias simultáneamente, hacer búsquedas por autores, palabras clave, palabras del título, etc., y localizar fácilmente una referencia mediante su número de identificación. También permite generar documentos de texto que contengan referencias con un formato determinado que nos interese, para imprimir o para enviarlo a la revista donde queremos publicar nuestro trabajo.

ELEMENTOS DE PARTIDA
  • Este documento, que incluye un tutorial de uso de Reference Manager.
  • Fichero 2: Refmedline.txt que contiene aproximadamente 50 citas en formato MEDLINE compatible con Reference Manager v12 version DEMO. Incluir los filtros para Melvyl-MEDLINE.
EVALUACIÓN

Esta práctica se compone de 3 partes:

1) Crear con Reference Manager v12 DEMO una base de datos e introducir manualmente en ella las siguientes referencias:

  1. Greenway, H. and R. Munns: Mechanisms of salt tolerance in nonhalophytes. Ann. Rev. Plant Physiol. 31, 149-190 (1980).
  2. Grieve, A.M. and R.R. Walker: Uptake and distribution of chloride, sodium and potassium ions in salt-treated citrus plants. Aust. J. Agric. Res. 34, 133-143 (1983).
  3. Guilliam. M.G.: Rapid measurement of chlorine in plant materials. Soil Sci. Soc. Am. Proc., 35, 512-513 (1971).
  4. Lloyd, J., P.E. Kriedemann and D. Aspinall: Contrast between citrus species in response to salinisation: an analysis of photosynthesis and water relations for different rootstock-scion combinations. Physiol. Plant. 78, 236-246 (1990).
  5. Lloyd, J., P.E. Kriedemann and J.P. Syvertsen: Gas exchange, water relations and ion concentrations of leaves on salt stressed "Valencia" orange, Citrus sinensis (L.) Osbeck. Aust. J. Plant Physiol. 14, 387-396 (1987).
  6. Maas, E.V. Salinity and citriculture. Tree Physiol. 12, 195-216 (1993).

2) En la misma base de datos creada en el punto 1) y de forma automática introducir un gran número de referencias. Se hará a partir de 3 fuentes distintas:

  1. Del fichero Refmedline.txt, que contiene 50 referencias recogidas de una búsqueda en PubMed guardadas en formato MEDLINE y que deben ser importadas usando el filtro Melvyl-MEDLINE.
  2. De la búsqueda de publicaciones que se hizo en la práctica 5A para el autor MacKinnon R debe incluirse las referencias encontradas usando el filtro Melvyl-MEDLINE.
  3. Finalmente, y también usando las referencias encontradas en la práctica 5A sobre el tema de investigación: "Efecto de la matriz lipídica sobre la estructura y función del canal de potasio KcsA", incluir en la misma base de datos dichas referencias.

3) Empleando las utilidades de Reference Manager generar sendos ficheros de texto que recojan los resultados de buscar en la base de datos que llevamos hecha hasta ahora atendiendo a los siguientes criterios de búsqueda:

  1. Buscar todos los artículos publicados entre los años 1990 a 2005 y exportarlos a un documento de texto (*.rtf) con el formato de la revista Biophysical Journal.
  2. Todos los artículos de Mackinnon, R. y exportarlos a un documento de texto (*.rtf) con el formato de la revista Journal of Biological Chemistry.
SOFTWARE

Puedes encontrar una versión que no necesita instalación del programa Reference Manager v12 DEMO aquí.

TUTORIAL DE REFERENCE MANAGER v12 DEMO

A) CREAR UNA BASE DE DATOS NUEVA

Al abrir Reference Manager desde el icono que nos aparece en el escritorio después de instalar el programa en nuestro computador de trabajo, nos aparecerá una ventana como la que se muestra en la figura siguiente, en la que tendremos que pedir al programa que cree una nueva base de datos con File/New Database, en ocasiones posteriores que ejecutemos Reference Manager en el mismo computador se abrirá de forma automática la última base de datos utilizada.


Decidimos llamar a nuestra base de datos "practica5B" y el programa genera dos ficheros para almacenar esta base llamados: practica5B.rmd y practica5B.rmx, será de vital importancia hacer copia de seguridad de ambos ficheros para recuperar nuestra base en caso de desastre.

En estos momentos estamos en disposición de introducir manual o automáticamente los datos de las referencias que deseemos tener. Para ello procederemos de la siguiente manera:


B) INTRODUCIR DATOS DE FORMA MANUAL

Es la forma mas tediosa de introducir datos, pero tendremos que recurrir a ella si ni disponemos de una fuente externa de datos, como puede ser MEDLINE o similar. El primer paso que daremos para introducir de forma manual los datos, será ordenar al programa References/New, con lo que nos aparecerá la siguiente ventana:


Ahora será necesario rellenar la mayoría de los campos que nos ofrece la ventana:

Ref. type: Journal, o Book o Book chapter, etc. Normalmente serán Journal.

Ref ID: Número de identificación que el programa asigna automáticamente.

Title: Título completo del artículo.

Author: Autores, que el programa separa por punto y coma automático. Los nombres deben entrarse como: Apellido,I.I. (separando el apellido con una coma de las iniciales del nombre).

Pub date: Año de publicación.

Web/URL: Dirección en Internet donde se encuentra el artículo (si la hubiere).

Notes: Espacio para poner cualquier anotación.

Keywords: Palabras clave. Este campo es muy importante, por lo que hay que poner especial cuidado en elegir las palabras clave más adecuadas para cada artículo.

Reprints: Se pueden catalogar como In file (la tenemos), Not in file (no la tenemos) o On request (esta solicitada).

Journal names: Nombre de la revista donde se ha publicado. Cuando introduzcamos una revista por primera vez tendremos que teclear el nombre completo. Más tarde, en Term-Manager/Activate (F5) le añadiremos las abreviaturas estándar o de usuario, para no tener que escribir el nombre de la revista completa cada vez. Por ejemplo, la revista Annual Reviews of Plant Physiology se abrevia como Ann. Rev. Plant Physiol., o como ARPP.

Volume: Volumen de la publicación.

Issue: número de volumen (opcional).

Start page: página de inicio.

End Page: Página final.

Abstract: Resumen original de los autores.

...y otros ...

Cuando ya está terminada la referencia tenemos la opción de grabar la referencia en File/Save (Ctrl+S) o File/Save and New (F9) para seguir metiendo más referencia. Una vez que hayamos terminado de meter las referencias deseadas y las hayamos grabado, activaremos la lista de referencias (Reference List) con F2. Cuando hayamos incluido varias referencias; en este ejemplo 50, veremos una pantalla como la que se muestra en la siguiente pantalla:


La mitad inferior de la pantalla muestra la lista de referencias que tenemos, ordenadas por Ref. ID, o por Autor o por lo que queramos. La mitad superior muestra los datos de la referencia que tengamos activa en ese momento (en nuestro caso la nº 1).

C) INTRODUCIR CITAS DE FORMA AUTOMÁTICA

Para usar esta opción necesitamos disponer de una fuente de datos externa (p.e. MEDLINE) en la que buscar y grabar las referencias en un documento de texto con un formato especifico (como hemos hecho en la práctica 5A) que luego pueda ser leído por Reference Manager (utilizando el filtro adecuado) y que incorpore a nuestra base de datos las referencias.

Usaremos el fichero Refmedline.txt para este ejemplo y debemos seleccionar References/Capture con lo que veremos el cuadro de diálogo que se muestra en la siguiente figura, en él es muy importante seleccionar la base con la que trabajamos, el filtro adecuado para importar esas referencias (Melvyl-MEDLINE en nuestro ejemplo) y el nombre del fichero de texto con la información a importar.

En Options podremos indicar si queremos editar cada referencia importada (normalmente no) o si queremos que el programa controle la duplicación de referencia o no. También aparecerán otras muchas opciones que hacen referencia a otros aspectos del programa, como la edición de citas, la búsqueda de duplicados o el tipo de letra que queremos para la pantalla principal, etc.

Al presionar Import se inicia el proceso de captura de referencias desde el fichero de texto hasta nuestra base de datos. Los errores o las citas duplicadas quedarán registradas y el programa nos avisará de ello. Después de acabado este proceso, utilizaremos la lista de referencias para visualizar todas las citas incorporadas a nuestra base de datos.


En la siguiente figura vemos como se ejecuta el proceso de importar referencias:


Una vez que termina de importar la lista completa de referencias y si no hay ningún problema nos muestra una ventana que anuncia que el proceso concluyó de forma satisfactoria como se muestra en la siguiente imagen:


D) SELECCIONAR REFERENCIAS DENTRO DE UNA BASE DE DATOS

Cuando tenemos la lista completa de referencias, podemos elegir un subconjunto de las mismas que reúnan una o mas condiciones. La orden será References/Retrieve (F4), llegando a una nueva pantalla que se muestra en la figura siguiente.

Ahora tendremos que especificar el tipo de campo en el que queremos buscar (por autor, título, palabra clave, etc.) en Field, y el nombre o la palabra concreta en Parameters. Para iniciar la búsqueda pulsaremos F12, obteniendo en el campo Results el número de referencias encontradas en la base de datos que cumplen las especificaciones indicadas. Haciendo clic en este campo obtendremos una hoja nueva llamada Retrieved que contiene las referencias encontradas.


E) EXPORTAR CITAS CON EL FORMATO DESEADO

Una vez que tenemos seleccionadas las referencias que nos interesan del total de las encontradas , podremos exportarlas en un documento de texto con el formato deseado.


Para ello elegiremos Tools/Bibliography/Generate from Reference List y completaremos el cuadro de diálogo siguiente:


Elegimos como formato de salida de las referencias elegidas el de "Journal of Biological Chemistry":


Elegimos como tipo de letra "Arial" y tamaño "11" para el fichero *.rtf en que queden las referencias elegidas.


En la siguiente figura se muestra el contenido del fichero *.rtf generado con las 3 referecnias elegidas en el formato de Journal of Biological Chemistry.