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Python 3.9 - PIP - Anaconda - Autodock/vina en Windows 10

1.- Instala Python 3.9 usando un usuario con rango de Administrador. Puedes descargarlo de aquí (Python 3.9 - 24-04-2021).



Debes incluir Python 3.9 en las "Variables de entorno" para poder ejecutarlo desde CMD, simplemente tecleando "python". Mira las siguientes dos figuras.





2.- Instala Anaconda Client, desde la consola CMD teclea "pip install anaconda-client" (sin comillas).



En mi caso, puedes ver en la figura superior que me indica que está ya disponible la versión 21.1 de PIP; y me sugiere que actualice usando el comando 'c:\python39\python.exe -m pip install --upgrade pip'.



3.- Instala ANACONDA, puedes descargar la última versión desde https://www.anaconda.com/products/individual
En el sigueinte enlace dejo la versión Anaconda3-2020.11-Windows-x86_64



4.- Incentive PyMOL Molecular Visualization Tool. To install this package with conda run one of the following:

conda install -c schrodinger pymol
conda install -c schrodinger/label/alpha pymol
conda install -c schrodinger/label/archive pymol



Desde CMD puedes teclear 'pymo' y se ejecutará. Incluye tu licencia.



Hemos instalado PyMol 2.4.1 en la ruta c:\Anaconda3\ como puedes ver en la siguiente figura.



Puedes encontrar numerosos "Plugins" de Pymol en https://pymolwiki.org/index.php/Category:Plugins

5.- A partir de aquí instalaremos el 'plugin' de Autodock/vina desde https://pymolwiki.org/index.php/Autodock_plugin. También podemos descargar todos los ficheros del repositorio desde el siguiente enlace o desde github.



Como puedes ver en la siguiente figura la instalación ha sido correcta.



Puedes ejecutar el 'plugin' de Autodock/vina como se indica en la siguiente figura:



Instalaremos Git for Windows para posteriormente instalar con él los scripts de PyMol localizados en el repositorio https://github.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo.

Para usar 'vina' a través del 'plugin' Autodock/vina de PyMol, que acabamos de instalar, es necesario tener también instalados i) MGLTools/AutoDockTools (mgltools_win32_1.5.6_Setup.exe), ii) AutoDock4.2 (o desde aquí) y iii) Vina.









Para localizar los diferentes programas debemos navagar hacia la ruta en la que se encuentran, no hagas 'copy & paste'.

C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\Lib\site-packages\AutoDockTools\Utilities24
C:/Program Files (x86)/The Scripps Research Institute/Autodock/4.2.6/autogrid4.exe
C:/Program Files (x86)/The Scripps Research Institute/Autodock/4.2.6/autodock4.exe
C:/Program Files (x86)/The Scripps Research Institute/Vina/vina.exe

Localizamos una caja cúbica de 60x60x60 con centro en el ligando localizado en el centro catalítico de la enzima que queremos inhibir con un nuevo compuesto que descubriremos a partir del uso de esta técnica de acoplamiento molecular o molecular docking.