# Crea un fichero de texto con las siguientes líneas # y dispón de los ficheros pdb que se indican más abajo. set antialias = 1 set stick_radius = 0.3 set mesh_radius = 0.02 bg_color white set ray_opaque_background, off set ray_shadows, off # Estructuras que serán cargadas por PyMol load 4V0Qa.pdb load 4V0Ra.pdb load 5DTOa.pdb load 2J7U.pdb load 2J7W.pdb load 3VWS.pdb load 4C11a.pdb load 4HHJ.pdb # Aliamiento estructural del esqueleto polipeptídico align 4V0Qa, 4V0Ra align 5DTOa, 4V0Ra align 2J7U, 4V0Ra align 2J7W, 4V0Ra align 3VWS, 4V0Ra align 4C11a, 4V0Ra align 4HHJ, 4V0Ra hide nonbonded show cartoon hide lines cartoon automatic set cartoon_fancy_helices=1 set cartoon_flat_sheets = 1.0 set cartoon_smooth_loops = 0 color blue, (chain a) color red, (chain b) color orange, (chain c) color yellow, (chain d) color green, (chain e) set ray_opaque_background, off # Color "rainbow" de cada objeto de PyMol spectrum count, rainbow_rev, 4V0Qa, byres=1 spectrum count, rainbow_rev, 4V0Ra, byres=1 spectrum count, rainbow_rev, 5DTOa, byres=1 spectrum count, rainbow_rev, 2J7U, byres=1 spectrum count, rainbow_rev, 2J7W, byres=1 spectrum count, rainbow_rev, 3VWS, byres=1 spectrum count, rainbow_rev, 4C11a, byres=1 spectrum count, rainbow_rev, 4HHJ, byres=1 # Realiza zoom mostrando todas estructuras cmd.zoom("visible",animate=-1)
Puedes descargar los ficheros PBD de aquí.
Cuando ejecutes el script *.pml con PyMol generarás una escena como la que se ve a continuación. Debes tener tanto los ficheros *.pdb como el *.pml en la misma carpeta, o bien editar las líneas del *.pml donde se cargar los archivos *.pdb con la ruta adecuada.