# Crea un fichero de texto con las siguientes líneas
# y dispón de los ficheros pdb que se indican más abajo.
set antialias = 1
set stick_radius = 0.3
set mesh_radius = 0.02
bg_color white
set ray_opaque_background, off
set ray_shadows, off

# Estructuras que serán cargadas por PyMol
load 4V0Qa.pdb
load 4V0Ra.pdb
load 5DTOa.pdb
load 2J7U.pdb
load 2J7W.pdb
load 3VWS.pdb
load 4C11a.pdb
load 4HHJ.pdb

# Aliamiento estructural del esqueleto polipeptídico
align 4V0Qa, 4V0Ra
align 5DTOa, 4V0Ra
align 2J7U, 4V0Ra
align 2J7W, 4V0Ra
align 3VWS, 4V0Ra
align 4C11a, 4V0Ra
align 4HHJ, 4V0Ra

hide nonbonded
show cartoon
hide lines
cartoon automatic
set cartoon_fancy_helices=1
set cartoon_flat_sheets = 1.0
set cartoon_smooth_loops = 0
color blue, (chain a)
color red, (chain b)
color orange, (chain c)
color yellow, (chain d)
color green, (chain e)
set ray_opaque_background, off

# Color "rainbow" de cada objeto de PyMol
spectrum count, rainbow_rev, 4V0Qa, byres=1
spectrum count, rainbow_rev, 4V0Ra, byres=1
spectrum count, rainbow_rev, 5DTOa, byres=1
spectrum count, rainbow_rev, 2J7U, byres=1
spectrum count, rainbow_rev, 2J7W, byres=1
spectrum count, rainbow_rev, 3VWS, byres=1
spectrum count, rainbow_rev, 4C11a, byres=1
spectrum count, rainbow_rev, 4HHJ, byres=1

# Realiza zoom mostrando todas estructuras
cmd.zoom("visible",animate=-1)

Puedes descargar los ficheros PBD de aquí.

Cuando ejecutes el script *.pml con PyMol generarás una escena como la que se ve a continuación. Debes tener tanto los ficheros *.pdb como el *.pml en la misma carpeta, o bien editar las líneas del *.pml donde se cargar los archivos *.pdb con la ruta adecuada.