Prepara un fichero de texto, por ejemplo VS--score_only.csh, e incluye para él propiedades de ejecución con chmod +x VS--score_only.csh

El contenido de este fichero se muestra en la siguiente línea de texto. Incluye la localización de vina, un fichero de configuración: 1AZMa-l.vina_config.txt y el comando --score_only

/home/estudiante/vina/autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina --config 1AZMa-l.vina_config.txt --score_only

El contenido de 1AZMa-l.vina_config.txt es el siguiente:

receptor = /home/estudiante/vina/SN002/receptor.1AZMa-r.pdbqt
ligand = /home/estudiante/vina/SN002/1AZMa-l.pdbqt
center_x = 34.27
center_y = 16.43
center_z = -18.71
size_x =  22.00
size_y =  22.00
size_z =  22.00
out = /home/estudiante/vina/SN002/1AZMa-l.docked.pdbqt
log = /home/estudiante/vina/SN002/1AZMa-l.vina.log
num_modes = 100

Al ejecutar en consola VS--score_only.csh se generará un fichero de resultados: 1AZMa-l.vina.log cuyo contenido es el siguiente:

#################################################################
# If you used AutoDock Vina in your work, please cite:          #
#                                                               #
# O. Trott, A. J. Olson,                                        #
# AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking    #
# with a new scoring function, efficient optimization and       #
# multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010)  #
# 455-461                                                       #
#                                                               #
# DOI 10.1002/jcc.21334                                         #
#                                                               #
# Please see http://vina.scripps.edu for more information.      #
#################################################################

Detected 1 CPU
Reading input ... done.
Setting up the scoring function ... done.
Affinity: -4.29963 (kcal/mol)
Intermolecular contributions to the terms, before weighting:
    gauss 1     : 57.12779
    gauss 2     : 762.20694
    repulsion   : 2.39561
    hydrophobic : 5.90938
    Hydrogen    : 1.32201

Puedes descargar todos los ficheros en el siguiente enlace.