Chuletas para computar... cuando la memoria falla!

RUNNING YASARA's docking.

Cambiar el ancho del panel lateral derecho (internal GUI) de PyMol compilado y libre: set internal_gui_width, 300

Running YASARA on computer clusters

En el yasara.ini ===> Memory 10000

y 8 CPUs,

y el sbatch con 8 CPUs y 16G de memoria

Comando de PyMol que selecciona los aminoácidos a la distancia elegida a un aminoácido u objeto

# selecciona los residuos a una distancia inferior a 17 A del centro del obj01
select selcenter, (byres (obj01 around 17))

# selecciona los residuos a una distancia inferior a 8 A del centro del residuo Cys 215
select selcenter, (byres (br. (resi 215 and resn CYS) around 8))
show sticks, selcenter

# Stop the simulation if the distance between Lys 90 in Mol B and the ligand ATP in Mol C becomes >10 A:
dis = GroupDistance Res ATP Mol C, Res Lys 90 Mol B
if dis>10
break

Sección de una proteína en PyMol en color gris

fetch 4ZYO, async=0
set ray_opaque_background, 0
color_h
as surface,
clip near , -50
set ray_interior_color, gray
set ray_shadows,0
ray
png D:\encinar\tempjant\02-images\4ZYO-structure.png, width=1200, height=1200, dpi=600, ray=1

Selecciona con PyMol los aminoácidos a una distancia de 5 Armstrons de un objeto

select selcenter, (byres ligand-Xtal///STI/* around 5)
select selcenter, (byres obj-name///res-name/* around 5)

How to install Python 2.7 as an additional kernel next to the default Python 3.X one?

# install everything (except JupyterHub itself) with Python 2 and 3. Jupyter is included in Anaconda.
conda create -n py3 python=3 anaconda
conda create -n py2 python=2 anaconda
# register py2 kernel
source activate py2
ipython kernel install
# same for py3, and install juptyerhub in the py3 env
source activate py3
ipython kernel install
pip install jupyterhub

Cambiar nombre de una cadena/residuo de una proteína

select the chain for which you wish to add/alter the chain id
# make sure that the selecting state (on the bottom right side) is on chains

type the command: alter (chain A),chain='B'
# This will alter the chain id to B, if you want another id change the command accordingly

type the command: alter (sele),resn='INH'
# This will alter the residue id to INH, if you want another id change the command accordingly

type the command: sort

Seleccionar el atom ID 4557 del obj01

select 4557, obj01 and id 4557

ball and stick, "ball" or obj01

preset.ball_and_stick(selection='all', mode=1)

Renumber the amino acids in a protein, so that it starts from 0 instead of its offset as defined in the structure file

alter (all),resi=str(int(resi)+100) # it starts from 100
alter (all),resi=str(int(resi)-7) # it starts from -7
    
# refresh (turn on seq_view to see what this command does).
sort

Color of background for YASARA

ColorBG 0000FF,FFFFFF,0000FF,FFFFFF

squeue jobs para SLURN

squeue -u jant.encinar -ao "%.14i %.10u %.8j %.3C %.5m %.6b %.6Q %.5q %.10M %.7T %.15R %E" $*
squeue -u jant.encinar --sort=+j  #sort by the job-name (given by #SBATCH --job-name XXX)
rm *.err *.out *.adr *clean.sce *_bestposes.pdb *_bestposes.sdf *_checkpoint.sce
LD_LIBRARY_PATH=/your/path/to/yasara:$LD_LIBRARY_PATH; export LD_LIBRARY_PATH

Listar, desde la linea de comandos, los archivos *.out con el comando find y después borrarlos.

sudo find / -name "default.ini" 2>/dev/null # desde consola Linux

find . -name "*.out" -type f
find . -name "*.out" -type f -delete

# Want to copy files from SSH between hosts on a network? Try the scp command:
scp file.txt jant.encinar@castleblack.umhnet.es:/path/to/dest/
scp demo.txt jant.encinar@castleblack.umhnet.es:/temp/

# You can use secure copy (scp) with the recursive option (-r):
scp -r /path/to/local/dir jant.encinar@castleblack.umhnet.es:/path/to/remote/dir

# If you want to copy a directory from machine a to b while logged into a:
scp -r /path/to/directory jant.encinar@castleblack.umhnet.es:/path/to/destination

# If you want to copy a directory from machine a to b while logged into b:
scp -r jant.encinar@castleblack.umhnet.es:/path/to/directory /path/to/destination

YASARA files: delete useless YASARA's docking files

rm *.adr *clean.sce *_checkpoint.sce *_bestposes.pdb *_bestposes.sdf *_ligands.sdf

ls Linux: display or list all directories in Unix

ls -d */

YASARA files: delete all selected files

rm *.mcr *.tab *.yob *.png *.txt *.html *last.pdb *last.sce *average.pdb *min.pdb
*min.sce *_dccm.sce *.job *.sbatch

Nombre de hoja Excel: función para incluir en una celda (en el ejemplo la celda A1 y poder operar de forma lógica con ella) el nombre de cada hoja de un libro Excel.

=DERECHA(CELDA("nombrearchivo",A1),LARGO(CELDA("nombrearchivo",A1))-HALLAR("]",CELDA("nombrearchivo",A1)))

Pymol: calcula una orientación determinada.

PyMOL>get_view
    ### cut below here and paste into script ###
    set_view (\
        0.387747556,   -0.530695796,   -0.753665924,\
        -0.785253763,    0.238018751,   -0.571598351,\
        0.482731193,    0.813453972,   -0.324439615,\
        0.000000000,    0.000000000, -285.253662109,\
        41.038238525,  -12.994083405,   29.010128021,\
        224.896163940,  345.611175537,  -20.000000000 )
    ### cut above here and paste into script ###

Pymol: repite una orientación determinada.

PyMOL>set_view (\
        0.387747556,   -0.530695796,   -0.753665924,\
        -0.785253763,    0.238018751,   -0.571598351,\
        0.482731193,    0.813453972,   -0.324439615,\
        0.000000000,    0.000000000, -285.253662109,\
        41.038238525,  -12.994083405,   29.010128021,\
        224.896163940,  345.611175537,  -20.000000000 )

Pymol: selecciona los aminoácidos 15, 356, 398, 425, 430, 447, 448, 450, 451, 480, 481, 490

sele resi 15+356+398+425+430+447+448+450+451+480+481+490

Pymol: selecciona todas las prolinas.

sel arginines, resn arg
select resi 91 and resn Met and chain K

Pymol: combina los PR01 y obj01 en un nuevo objeto llamado Pro1-B03-RS.

create Pro1-B03-RS, PR01 + obj01

Pymol: selecciona los aa a menos de 5 A del aa 142.

select near142, resi 142 around 5

Pymol: selecciona todos los átomos de fosforo.

select fosforo, name p

Pymol: tamaño de la leyenda.

set label_size, 22
set label_position,(-2,2,1)
set label_color, black, object

# combina dos objetos (hKLC-1_model y peptide) formando un tercero (object3)
create object3, hKLC-1_model + peptide

Pymol: localización de la leyenda.

set label_position,(3,2,1)
Offsets the labels 3 Å in X, 2 in Y and 1 in Z, relative to the Viewport.

INTRANET: localización de unidades de red

\\eparadorw01.umhnet.es\shaker$
\\discodered.umhnet.es\jant.encinar

Pymol: transparencia al 50% del objeto "obj01".

set transparency:0.5, obj01

Pymol: Pair fit.

# superimpose protA residues 10-25 and 33-46 to protB residues 22-37 and 41-54:
pair_fit protA///10-25+33-46/CA, protB///22-37+41-54/CA
# superimpose ligA atoms C1, C2, and C4 to ligB atoms C8, C4, and C10, respectively:
pair_fit ligA////C1, ligB////C8, ligA////C2, ligB////C4, ligA////C3, ligB////C10

Pymol: Run InterfaceResidues.py

1.- Open PDB file
2.- File -> Run -> InterfaceResidues.py
3.- Enter the comman line:
interfaceResidue MD2020-2059-MERS-compl-mod1, chain G, chain F
MD2020-2059-MERS-compl-mod1 -> name of object
chain G, chain F -> chain ID of two chain

Syntax to rename a directory on Unix.

mv old-folder-name new-folder-name
mv /path/to/old /path/to/new

Contar un gran número de ficheros.

# Ejecuta el siguiente comando desde la consola y dentro del directorio en el que quieras
# contar esos ficheros. En el ejemplo contarás los ficheros *.sim
find -type f -name '*.sim' | wc -l

# Memoria libre en cada nodo, para SGE.
qstat -f -u '*' -F mem_free

# Cuando quieres listar el contenido de un directorio donde existen muchos ficheros y con ls
# aparece el argumento "Argument list too long". La solución está en el siguiente comando que
# has de modificar en función del /directorio y el tipo de archivo a buscar, en mi caso
# ".docked.pdbqt". Generará el fichero lista-hechos.txt
find /directorio -name "*.docked.pdbqt" >/directorio/lista-hechos.txt
find -type f -name '*.docked.pdbqt' >lista-hechos.txt

# Borrar un gran número de ficheros.
find . -name "*.docked.pdbqt" -print0 | xargs -0 rm
find . -name "*_bestposes.pdb" -type f -delete
find . -name "*_bestposes.sdf" -type f -delete
find . -name "*_checkpoint.sce" -type f -delete
find . -name "*.err" -type f -delete
find . -name "*.out" -type f -delete
find . -name "*.adr" -type f -delete

Convertir ficheros mol2 a pdbqt usando OpenBabel.

https://openbabel.org/docs/dev/Command-line_tools/babel.html
"C:\Program Files (x86)\ChemAxon\MarvinBeans\bin\molconvert" mol2 
D:\encinar\chemical-libraries\19-2_drug_bank\_3Dstructures.sdf 
-o D:\encinar\chemical-libraries\19-2_drug_bank\drug.mol2 -m -g -F