En el siguiente script de Pymol (extensión pml) se comenta la ejecución, paso a paso, de la descarga del repositorio del RCBS de la estructura 3ZFW (Crystal structure of the TPR domain of kinesin light chain 2 in complex with a tryptophan-acidic cargo peptide), la selección de una cadena del dominio TPR y el peptido unido hacia la zona N-terminal de la proteína y la coloración en base a su B-factor.

reinitialize
# Reinicializa PyMOL (limpia el entorno actual)

fetch 3ZFW
# Carga la estructura con el código PDB 3ZFW desde el RCBS en línea

select cercanos, br. objeto1 around 6
# selcciona todos los aminoácidos localizados a menos de 6 Armstrons del objeto1

util.color_chains("(3ZFW)",_self=cmd)
zoom
# Colorea las diferentes cadenas de la estructura cargada y muestra todas cadenas

cmd.set('bg_rgb', '[1, 1, 1]')
# Fondo blanco

remove chain B
# Elimina la cadena B de la estructura cargada

remove chain Y
# Elimina la cadena Y de la estructura cargada (si existe)

zoom
# Ajusta la vista para centrar la estructura visible

select chain X
# Selecciona la cadena X en la estructura cargada

create peptide, chain X
# Crea un nuevo objeto llamado "peptide" que contiene solo la cadena X

alter peptide, chain='B'
# Cambia el identificador de la cadena del objeto "peptide" de X a B

cmd.show("sticks", "peptide")
# Muestra los átomos del objeto "peptide" como sticks

remove chain X
# Elimina la cadena X del entorno (ya no es necesaria)

# Coloco la orientación que quiero resaltar utilizando una matriz de transformación 4x4
### cut below here and paste into script ###
set_view (\
    -0.240104541,    0.961403430,    0.134370983,\
     0.233891934,    0.191636324,   -0.953189015,\
    -0.942150593,   -0.197437778,   -0.270875484,\
     0.000000000,    0.000000000, -182.872024536,\
   -29.033226013,   12.414473534,   76.271728516,\
   144.177703857,  221.566345215,  -20.000000000 )
### cut above here and paste into script ###

cmd.spectrum("b", selection=("3ZFW"), quiet=0)
# Aplica un espectro de colores basado en el factor B a la estructura 3ZFW

cmd.show("surface", "3ZFW")
# Muestra la superficie de la estructura 3ZFW

cmd.spectrum("b", selection="((3ZFW)&*/CA)", quiet=0)
# Aplica un espectro de colores basado en el factor B a los átomos CA de la estructura 3ZFW

select ca_atoms, chain B and name CA
# Selecciona los átomos CA de la cadena B

label ca_atoms, oneletter + " " + resi
# Etiqueta cada átomo CA con el nombre del aminoácido y su número de residuo

set label_size, 26
# Establece el tamaño de las etiquetas a 26

set label_color, white
# Establece el color de las etiquetas a blanco

delete ca_atoms
# Elimina los átomos seleccionados anteriormente

zoom peptide
# Ajusta la vista para centrar el objeto "peptide" en la ventana de PyMOL

cmd.spectrum("b", selection=("peptide"), quiet=0)
# Aplica un espectro de colores basado en el factor B al objeto "peptide"

cmd.spectrum("b", selection=("3ZFW"), quiet=0)
# Aplica un espectro de colores basado en el factor B a la estructura 3ZFW

ramp_new color_bar, 3ZFW, [0, 204.78], rainbow
# Crea una rampa de color (barra de colores) basada en el factor B de la estructura 3ZFW