Después de una simulación de dinámica molecular de 200 ns para un dominio SH2 con un fosfopéptido unido, así se ve la escena...

import os
import pymol
# Iniciar PyMOL
pymol.finish_launching()
# Definir el directorio donde están los archivos PDB
pdb_directory = r'D:\aaa'
# Crear una lista para almacenar las rutas de los archivos PDB
pdb_files = []
# Buscar y agregar los archivos .pdb al objeto
for file_name in os.listdir(pdb_directory):
    if file_name.endswith('.pdb'):
        pdb_path = os.path.join(pdb_directory, file_name)
        pdb_files.append(pdb_path)
# Cargar todos los archivos PDB en un solo objeto llamado "MD"
for pdb_file in pdb_files:
    print(f"Cargando {pdb_file} en el objeto MD")
    pymol.cmd.load(pdb_file, 'MD')
# Líneas adicionales de visualización en PyMOL
pymol.cmd.show('cartoon', 'MD')  # Mostrar en modo "cartoon"
pymol.cmd.hide('lines', 'MD')    # Ocultar líneas
intra_fit MD                     # superponer todas la moléculas del objeto MD
set movie_fps, 5                 # 5 frames por segundo
pymol.cmd.color('grey80', 'polymer')     # Aplicar color gris claro a los polímeros
pymol.cmd.show('surface', 'MD')  # Mostrar la superficie
# pymol.cmd.set('transparency', 0.9, 'MD')  # Establecer transparencia en 0.9 para la superficie
# Si deseas que PyMOL se quede interactivo después de ejecutar el script
pymol.cmd.extend("run_script", pymol.cmd.quit)