Rescore ligand poses with an energy minimization and local docking.

Recuerda que las energías de unión (binding energy) más positivas y las constantes de disocuación más pequeñas, Kd, indican una unión más fuerte del ligando al receptor. Puedes usar el macro de YASARA dock_rescore.mcr para calcular el valor de Bind.energy [Kcal/mol].

Lig.|Effi[kcal/(mol*Atom)]|Bind.energy[kcal/mol]|Dissoc. constant [pM]| Name | Contacting receptor residues
----+---------------------+---------------------+---------------------+------+-----------------------------
0001|         000000.2435 |         000006.3310 | 00000022872596.0000 | UNL  | A TYR 271 A LEU 311 A SER 325 A ALA 349 A LEU 351 A LYS 365 A ASN 394 A ILE 433 A ALA 434 A SER 448 A LEU 472 A ARG 474 A TYR 488 A ARG 521 A PHE 523

Debes tener en cuenta que el macro dock_rescore.mcr necesita que las moléculas del receptor y del ligando tengan nombre diferente, por ejemplo, A para el receptor y B para el ligando. El siguiente macro de YASARA consigue eso. Guarda con un editor de texto plano el siguiente macro como dock_rescore_jant.mcr y podrás ejecutarlo desde la línea de comando de YASARA como PlayMacro d:\aaa\dock_rescore_jant.mcr

# desde la líbea de comando de YASARA ejecuta PlayMacro d:\aaa\dock_rescore_jant.mcr
clear
LoadYOb "D:\aaa\D3003-MP7-Q-1369_001.yob"
SplitObj 1,Center=Yes,Keep=ObjNum
SelectObj 2
NameMol selected,B
UnselectAll
JoinObj 2,1
SaveYOb 1,D:\aaa\D3003-MP7-Q-1369_001.yob

Sobre el nuevo fichero D:\aaa\D3003-MP7-Q-1369_001.yob generado después de ejecutar d:\aaa\dock_rescore_jant.mcr, ya puedes ejecutar dock_rescore.mcr

Vamos a juntar ambos procesos en un fichero "run_YASARA_rescore.bat" para lanzalo desde la consola CMD.

D:\YASARA-2024-10-05\yasara-24-10-05-DC\yasara.exe -txt D:\aaa\dock_rescore_jant.mcr

D:\YASARA-2024-10-05\yasara-24-10-05-DC\yasara.exe -txt D:\aaa\dock_rescore.mcr "MacroTarget='D:\aaa\D3003-MP7-Q-1369_001'"
del *.pdbqt *_checkpoint.sce *.adr *_rescored.sce