El siguiente script .pml para ejecutar desde PyMol separa los estados de un objeto cargado en una escena, por ejemplo, las 3 subunidades del trímero de 7SSQ.

python
from pymol import cmd

obj = "7SSQ"  # Cambiar si tu objeto tiene otro nombre
n_states = cmd.count_states(obj)

for i in range(1, n_states + 1):
    new_obj = f"{obj}_state{i}"
    cmd.create(new_obj, obj, i, 1)
    if cmd.count_atoms(new_obj) == 0:
        print(f"[AVISO] Estado {i} está vacío. Se elimina {new_obj}.")
        cmd.delete(new_obj)
    else:
        print(f"[OK] Se creó {new_obj} desde el estado {i}.")
python end

¿Cómo usarlo?

Guarda ese contenido como separar_estados.pml y desde la consola de PyMol, ejecuta: run ruta/del/archivo/separar_estados.pml