Hypervisor Mol* (/'molstar/).

Podemos generar un hipervisor para visualizar estructuras moleculares utilizando Mol*. Disponible en https://shaker.umh.es/molstar/. También puedes descargar el fichero comprimido con la carpeta 'molstar' (versión que yo he complilado) y descomprimirlo en tu servidor web.

Molstar es una librería que se ejecuta del lado del cliente. Esto significa que todo el procesamiento gráfico en 3D (renderizado mediante WebGL) y el cálculo de estructuras moleculares se realiza en el navegador web del usuario que visita esta página, utilizando la tarjeta gráfica y el procesador de su ordenador, no los recursos del servidor.

Si quieres tener una réplica exacta del visor oficial de Molstar (https://molstar.org/) pero bajo tu propio dominio (https://shaker.umh.es/molstar), puedes clonar su código del repositorio oficial en GitHub y compilarlo tú mismo. Esto te permitirá tener la última versión de Molstar y personalizarla si lo deseas. Para hacerlo, sigue estos pasos:

# Clonas el repositorio: 
git clone https://github.com/molstar/molstar.git

# Instalas dependencias y compilas: 
npm install && npm run build

La carpeta resultante (build/viewer) contendrá toda la aplicación web. Solo tienes que copiar esos archivos al directorio público de tu servidor web (Apache, Nginx, IIS).


Puedes guardar una escena y depositarla en tu servidor web, en mi caso en https://shaker.umh.es/molstar/states/. Con el siguiente script de Python generas la URL para cargar la escena:

from urllib.parse import quote

molx = "https://shaker.umh.es/molstar/states/mol-star_state_2026-6-7-13-16-14.molx"

url = (
    "https://shaker.umh.es/molstar/?snapshot-url="
    + quote(molx, safe="")
    + "&snapshot-url-type=molx"
)

print(url)

El resultado será una URL válida que puedes usar para cargar la escena en Mol*: https://shaker.umh.es/molstar/?snapshot-url=https%3A%2F%2Fshaker.umh.es%2Fmolstar%2Fstates%2Fmol-star_state_2026-6-7-13-16-14.molx&snapshot-url-type=molx


Configurar los MIME Types en IIS

IIS es muy estricto por defecto y bloqueará la descarga de archivos con extensiones que no conozca expresamente. Como vas a trabajar con archivos y configuraciones de JavaScript modernas, debes asegurarte de que IIS permita servirlos.

Si tus moléculas se guardan en formatos comunes o configuraciones JSON, debes pedir al Administrador de IIS que active los MIME Types y añadir los siguientes, si no existen:

Si no añades estos tipos MIME, Molstar intentará cargar la molécula desde tu servidor y el servidor IIS devolverá un error HTTP 404.3 (Forbidden/Access Denied por tipo MIME independiente de que el archivo exista).

Servicios avanzados (Volume Server / Model Server)

La versión estándar de Molstar cubre la mayoria de las necesidades (visualizar PDBs, mapas de densidad, interacciones, etc.). Sin embargo, Molstar incluye opcionalmente unos servidores de backend en su código fuente (Model Server y Volume Server) que sirven para minimizar y optimizar archivos gigantescos de cristalografía o criomicroscopía electrónica antes de enviarlos al cliente.

Esos servidores avanzados requieren Node.js corriendo en el fondo del servidor. Si en el futuro necesitaras obligatoriamente estos servicios de optimización: