Tenemos una escena de PyMol en la que hemos rotado y escalado la molécula según nos interesa. Ahora queremos guardar esa vista como un archivo PDB.
Hacerlo para múltiples objetos es incluso más importante, ya que queremos asegurarnos de que todos mantengan su posición relativa entre sí y no se desalineen.
Si intentáramos hacerlo uno por uno, al resetear la cámara en el primer objeto perderíamos la referencia para los demás. Por eso, el truco está en transformar todos los objetos a la vez y luego guardarlos individualmente.
Paso 1: coloca tu vista ideal.
Si te has movido, vuelve a pegar tu bloque original de set_view en la línea de comandos de PyMOL para que todo vuelva a la posición exacta que quieres congelar.
Paso 2: transforma TODOS los objetos al mismo tiempo.
Copia y pega este bloque de código en la consola (PyMOL>) y presiona Enter. Nota que cambiamos el nombre del objeto por 'all' para que afecte a todas las moléculas que tienes cargadas en la escena:
python
view = list(cmd.get_view())
M = view[0:3] + [-view[12]] + view[3:6] + [-view[13]] + view[6:9] + [-view[14]] + view[12:15] + [1.]
cmd.transform_selection('all', M, transpose=1)
cmd.set_view([1,0,0,0,1,0,0,0,1] + view[9:])
python end
Todas las proteínas de tu panel derecho habrán adoptado las nuevas coordenadas reales a la vez, manteniendo su alineamiento perfecto entre ellas, y la cámara se habrá reseteado de forma invisible.
Paso 3: guarda cada PDB por separado.
Ahora que todo está en su sitio matemático real, solo te queda exportar cada objeto de manera independiente. Ejecuta el comando de guardado cambiando los nombres según tus objetos:
save objeto1_orientado.pdb, nombre_de_tu_objeto_1
save objeto2_orientado.pdb, nombre_de_tu_objeto_2
save objeto3_orientado.pdb, nombre_de_tu_objeto_3
Una vez que ejecutas el Paso 2, las coordenadas de la sesión actual habrán cambiado permanentemente. Si necesitas volver a mover la cámara y hacer modificaciones sobre los archivos originales, lo ideal es que cierres PyMOL y vuelvas a cargar tus PDBs limpios. ¡Tus archivos _orientado.pdb ya habrán quedado guardados perfectamente!