CURSO 2004/2005

Debido a la variación en el contenido de algunas páginas web con respecto a otros años, en este curso se procederá de la siguiente manera:

1. Cada grupo es responsable de un fichero de datos PDB, con el nombre grupoX.pdb, donde X es el número del grupo.

2. Editar el fichero pdb con Microsoft Word

3. Identificar una secuencia de aminoácidos de entre 12-15 residuos

4. Mediante el servidor IBPR

(http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_fasta.html), utilizando el programa FASTA y la base de datos PDB, identificar el código PDB de la proteína. Utilizar ese enlace para acceder a la PDB homepage (http://www.rcsb.org/pdb/index.html). Nota: si existe más de un código candidato, ponerse en contacto con el profesor (jmsanz@umh.es).

5. Accediendo al menú Other Sources y luego WHATCHECK se obtiene el mapa de Ramachandran.

6. Cargar la proteína en la página de visualización ("load grupoX.pdb") y utilizar los comandos usuales de RASMOL

para obtener figuras que contesten a las cuestiones que se refieren más abajo.

7. Construir un fichero de Microsoft Word que contenga:

            a) Nombre de la proteína

            b) Código PDB

            c) Organismo de procedencia

            d) Referencia bibliográfica

            e) Mapa de Ramachandran

            f) Figura de la proteína mostrando su estructura secundaria

            g) Posibles dominios y/o estructuras supersecundarias

            h) Figura de la proteína identificando el ligando y los aminoácidos del sitio de unión, explicando qué tipo de interacción puede haber entre unos y otro.

            i) Otras figuras que el alumno considere de interés.