Guia para usar JSmol --> COLOR

1.- Introducción 2.- Instalación y requisitos 3.- Ratón y teclado 4.- Menú 5.- Botones 6.- Tipos de modelos moleculares 7.- Cambio de modelo molecular 8.- Color 9.- Selección de grupos 10.- Identificar partes 11.- Puentes de H y S-S 12.- Otras opciones 13.- Volver a Biomoléculas ON-LINE

Para modificar el color de un modelo molecular:

Activa el menú desplegable: coloca el puntero del ratón sobre el recuadro de la molécula y pulsa el botón derecho del ratón (o bien haz clic con el botón izquierdo sobre el logotipo "Jmol", o clic mientras mantienes pulsada la tecla Control).
Elige la opción Color > Atomos > Patrón: usamos la opción Atomos porque los enlaces y el resto de elementos (esqueleto, trazo, cintas...) "heredan" el color de los átomos.

Elige una de las distintas posibilidades que a continuación se describen.
Por elemento (CPK): se utiliza el esquema de Corey-Pauling-Koltun. Los colores de los átomos más usuales son:

Carbono Hidrógeno Azufre

Oxígeno Nitrógeno Fósforo

Aminoácidos: este patrón o combinación colorea los aminoácidos de acuerdo con sus propiedades. Los colores sirven para identificar los aminoácidos en un ambiente inusual o "sorprendente". Las partes externas de una proteína que son polares son colores visibles (brillantes) y los residuos no polares, más oscuros. El esquema de color completo es:

Asp, Glu, Cys, Met, Lys, Arg, Ser, Thr, Phe, Tyr, Asn, Gln, Gly, Leu, Val, Ile, Ala, Trp, His y Pro.

Por estructura secundaria: se colorean selectivamente las zonas con estructura secundaria en hélice alfa, hoja beta, giros y estructura al azar (en blanco). Este tipo de modelo se suele utilizar para analizar la estructura secundaría de las proteínas.
Por cadena: cada cadena se colorea de un color. Muy útil para visualizar rápidamente la estructura cuaternaria de las proteínas.

Puedes practicar sobre esta estructura los distintos modelos de colores.

Créditos

Dra. Mª Belén Garrido Garrido, Dr. Angel Herráez

Dr. José Antonio Encinar. (IBMC-UMH)