Guia para usar JSmol --> Puentes de H y S-S
Para mostrar los puentes de hidrógeno de una molécula sigue estos pasos:
Activa el menú desplegable: coloca el puntero del ratón sobre el recuadro de la molécula y pulsa el botón derecho del ratón (o bien haz clic con el botón izquierdo sobre el logotipo "Jmol", o clic mientras mantienes pulsada la tecla Control).- Selecciona Estilo > Enlaces de hidrógeno:
- Activo mostrará los enlaces de hidrógeno que estén especificados en el archivo de coordenadas. Normalmente, no hay tales enlaces, por lo que debemos pedir a Jmol que calcule, basándose en la geometría de la molécula (¡Atención! Jmol sólo calcula enlaces de hidrógeno entre los grupos peptídicos de una proteína (carbonilo y amino); no calcula enlaces entre las cadenas laterales de los residuos aminoácidos. En consecuencia, no muestra todos los enlaces de hidrógeno existentes en una proteína. En los ácidos nucleicos, sólo calcula los enlaces de hidrógeno típicos de los pares de bases.), qué átomos formarán un puente de hidrógeno.
- Calcular hace que Jmol calcule los enlaces de hidrógeno y los muestre como líneas delgadas de trazos (difíciles de ver si la molécula es grande; acércala usando la rueda del ratón o con Mayúsculas+arrastre vertical).
- No oculta los enlaces de hidrógeno (si ya están calculados, bastará más tarde usar Activo para mostrarlos de nuevo).
- Varias opciones numéricas en Å hacen que se muestren los enlaces (como Activo) pero como líneas gruesas (varillas, pero discontinuas).
Para visualizar los puentes disulfuro, se trabaja de forma análoga pero utilizando el menú Estilo > Enlaces disulfuro
Practica sobre este péptido la visualización de los enlaces por puente de hidrógeno. Prueba con distintos estilos del modelo molecular. Por ejemplo, mostrar los enlaces de hidrógeno como varillas y de color anaranjado. |
Créditos
Dra. Mª Belén Garrido Garrido, Dr. Angel Herráez
Dr. José Antonio Encinar. (IBMC-UMH)