Teaching → Computing

  1. Comandos útiles de Linux a recordar.
  2. Script de Python para dibujar una caja cuboide entorno a un objeto excediendo 3 Ångströms sus dimensiones.
  3. Crea un macro de YASARA para limpiar segmentos de ficheros YOB y salvarlos como YOB y como PDB.
  4. Script de Python para crear tantas subcarpetas como ficheros *.yob existan dentro de una carpeta dada, y copiar dendro de cada una de ellas el fichero *.yob con el mismo nombre.
  5. Scripts for running MDs and DCs on Linux clusters.
  6. Trabajo desde consola con YASARA.
  7. Análisis estadístico.
  8. Gibbs free energy (ΔG) versus Kd.
  9. ¿Cómo insertar un "menu.html" dentro de todas tus páginas HTML usando un sencillo script de Java?
  10. Ejemplos de scripts *.pml para Pymol
  11. Script para Python que genera un gráfico 2D de datos con tres variables: x, y, z, esta última en código de color. Busca los átomos de un ligando que durante más tiempo de una simulación de dinámica molecular establecen algón tipo de interacción con algún aminoácido del receptor.
  12. Scripts para Python:
    a) combinar ficheros SDF en un único fichero de salida,
    b) separar en tantos ficheros como estructuras unicas contenga un fichero SDF dado,
    c) extraer nombres de las moléculas contenidas en un fichero SDF dado,
    d) descarga una lista de ficheros PDB en tu disco duro.
  13. Scripts para Python: combinar ficheros "*.log" con los resultados de docking en un solo fichero de texto.
  14. Instalación paso por paso de Open Source Pymol 2.x en Windows 10/11 con Conda.
  15. How do I Compress a Whole Linux or UNIX Directory?
  16. Configurar cuenta de GMAIL en Outlook, @umh.es
  17. Instalación personaliza de Microsoft Office LTSC Profesional Plus 2021.
  18. Procesadores, cores y tareas en SLURM.
  19. PyMol tutorials by Ross.
  20. Combinar varios ficheros Excel en un solo libro.
  21. AutoDockCrankPep is a program for computational docking of peptides to protein targets.
  22. Intermediate PyMOL by Annemarie Honegger, University of Zurich. 10.13140/RG.2.2.33047.57764
  23. How to align the sequences of several proteins shown in a PyMol scene?
  24. Cribado viertual de ligandos con Autodock/vina ejecutado sobre YASARA Structure.
  25. Salvar en formato FASTA la secuencia de la proteína mostrada.
  26. PyMol Tutorial from https://kpwulab.com/
  27. Procesadores memoria compartida y distribuida.
  28. Ejecuta FoldX 5.0 en consola windows para un grupo numeroso de estructuras PDB.
  29. How can I generate a nice picture by pymol?
  30. How can I evaluate the hydrophobicity of a protein with PyMol?
  31. Sombras en CSS.
  32. Aumentar el tamaño de la partición raíz de una máquina virtual Linux VMware Workstation.
  33. Displaying cavities with PyMOL
  34. Script pml de PyMol para cargar, alinear y colorear varias estructuras moleculares.
  35. Preparar ficheros *.pdbqt a partir de ficheros *.pdb (Windows).
  36. Medir la ΔG de un ligando cristalográfico con AutoDock/vina.
  37. Molecule file conversion with Molconverter (Marvin).
  38. cxcalc calculator functions (Marvin).
  39. Macro Excel para extraer hipervínculos y anchor text.
  40. Recabar datos de la placa base sin abrir el PC.
  41. Entorno virtual para instalar paquetes y dependencias sin afectar la instalación de Python del sistema.
  42. Script de Python para combinar en un solo archivo de texto los resultados que genera YASARA para simulaciones de "molecular docking".
  43. Script de Python para calcular el espacio (MB) que ocupan todas las subcarpetas dentro de una carpeta.
  44. Script de Python para calcular el número de ficheros (con la extensión que desees) contenidos en todas y cada una de las subcarpetas dentro de una carpeta.
  45. Script de Python comprimir (tar.gz) todas y cada una de las subcarpetas (cuyo nombre termine en "_fin") dentro de una carpeta. Justo a otro script para DEScomprimir los ficheros "tar.gz" encontrados en una ruta.
  46. Scripts de Python para analizar los datos de RMSD de muchas simulaciones de dinámica molecular con YASARA structure, generando un fichero de texto tabulado, con tantas columnas como el número de simulaciones analizadas.
  47. Scripts de Python para hacer un ajuste lineal usando un fichero TXT con columnas tabuladas, X,Y1,Y2,Y3,Y4.
  48. Scripts de Python para agilizar la ejecución de simulaciones de dinámica molecular en Linux con SLURN.
  49. Script de Python para buscar todos los archivos con extensión ".sdf" en la ruta "D:\aaa" y combinarlos en un único archivo.
  50. Script de Python para rescatar de todos los archivos con extensión ".txt" en la ruta "D:\aaa" los datos de la columna "Free energy, Kcal/mol" y juntarlos en un fichero de texto separado por columnas, de modo que la primera fila de cada columna contenga el nombre del fichero *.txt de partida.
  51. Script de Python para descomprimir ficheros "*.tar.gz" en la ruta "c:\aaa\".
  52. Script de Python para extraer de varios ficheros "*.tar.gz" en la ruta "c:\aaa" solamente los ficheros cuyo nombre termine en "_bindenergy.tab".
  53. Macro de PyMol (pml) para colorear de acuerdo al B-factor.
  54. Script de Python para ejecutar desde PyMol que muestra el valor de B-factor de cada carbono alfa de un objeto (proteína) y colorea acorde a este valor.
  55. Script de Python para eliminar líneas de texto vacias o que no tengan 7 veces el carácter "|" en ficheros *.log.
  56. Script de YASARA para hacer "scoring" de muchos complejos proteína-ligando.
  57. Script de YASARA para seleccionar las cadenas laterales de los aminoácidos del sitio de unión que queremos que sean flexibles para hacer docking de una libreria química en formato SDF.
  58. Simulación de dinámica molecular para una kimera...
  59. MM/GB(PB)SA Calculations for Virtual Screening.
  60. Per-residue ligand interactions of the receptor of molecule A.
  61. Script de Python para crear tantas carpetas como ficheros PDB destinadas a hacer simulaciones de dinámica molecular.
  62. Script de Python para calcular la distribución de frecuencias de variables y calcular los parámetros de la ecuación gaussiana que se ajusta a los datos de distribución.
  63. SLURM Node Occupancy.
  64. Combina varios ficheros XLSx en uno.
  65. MolPort database v7.
  66. Buscar datos de unión de compuestos en bindingDB.
  67. SDF File Splitter and Combine 3000 molecules.
  68. Calcula grid-center y dimensiones de caja para hacer simulaciones de docking con vina-1.2.5.
  69. Calcula el índice de Parr para electrofilia.
  70. Rescore ligand poses with an energy minimization and local docking.
  71. miniconda, RDkit,vina, tkdm, OpenBabel, Autodock-vina y estereoisómeros R/S.
  72. Convierte name+SMILES a SDF 3D y con H.
  73. Calcula espacio ocupado en una ruta y número de ficheros de cada carpeta de esa ruta.
  74. RDkit: Calculate molecular descriptors.
  75. Distribuir un número de ficheros en carpetas.
  76. Docking YASARA: limpiar carpetas terminadas.
  77. Borrar ficheros *.adr creados antes de una fecha dada.
  78. Script para separar estados conformacionales de un PDB.
  79. Docking YASARA en GPU con 5 hilos.
  80. Backup de Drivers Windows 11.
  81. Script de Python que elimina tabuladores y cambia la cabecera de ficheros "_bindenergy.tab".
  82. Script de Python para ejecutar en Pymol que cambia el color de cada cadena de un objeto.
  83. Pause jobs in a queue managed by SLURN with a Python script.
  84. Python script para eliminar *.out después de terminar una simulación de docking con YASARA en Linux.
  85. Design protein binders.
  86. Análisis de similitud estructural entre moléculas pequeñas usando la similitud de Tanimoto.
  87. Convertir el DataFrame a una tabla HTML.