Antes de indicar cómo se pueden seleccionar los distintos modos de representación de las moléculas vamos a tratar brevemente sobre las características principales de los distintos tipos de modelos moleculares.
Las estructuras tridimensionales de las moléculas pueden visualizarse con Jmol siguiendo el siguiente código de representación (originalmente basado en el programa RasMol):
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Alambre Se muestran sólo los enlaces, como líneas delgadas. |
Varillas Se muestran sólo los enlaces, como líneas gruesas. Este modelo es adecuado para ver la estructura de moléculas grandes. |
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Bolas y varillas Los enlaces son varillas y los átomos pequeñas esferas. No refleja ni el tamaño ni la forma real de la molécula, pero permite distinguir claramente los diferentes átomos y enlaces. |
Esferas (esferas CPK) Se representan todos los átomos como esferas sólidas con sus radios de van der Waals (es lo más semejante al volumen real ocupado por el átomo). Muestra el tamaño y la forma reales de la molécula pero dificulta la percepción de su estructura. |
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Esqueleto Representa el esqueleto del polipéptido como una serie de varillas que conectan los carbonos alfa consecutivos de cada aminoácido en una cadena (en ácidos nucleicos, se conectan los átomos de fósforo). No se muestran las cadenas laterales. Es una representación interesante para percibir el plegamiento global del polipéptido o ácido nucleico. |
Trazo Es similar al esqueleto, pero suavizado, sin ángulos (un cordón curvilíneo). |
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Cintas lisas Visualiza la proteína o ácido nucleico como una superficie de "cintas" densa y lisa que recorre el esqueleto polipeptídico o polinucleotídico de la molécula. |
Esquemático Extiende la representación de cintas para permitir mostrar la representación de Richardson (MolScript). Es similar al modelo de cintas pero muestra mediante puntas de flecha la orientación de las cadenas en hebras y hélices, y los tramos sin estructura secundaria son cordones en lugar de cintas. Muy útil para visualizar la estructura secundaría de las proteínas. |
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Cintas en filamentos Visualiza la proteína o ácido nucleico como una "cinta" que recorre el esqueleto polipeptídico o polinucleotídico, pero la cinta está compuesta de una serie de filamentos (por defecto, cinco) que corren paralelos entre sí. |
Bloques Cada tramo de hélice alfa se muestra como un cilindro con punta (un “cohete”) y cada tramo de hebra beta, como una flecha gruesa, recta y plana. |
Dra. Mª Belén Garrido Garrido, Dr. Angel Herráez
Dr. José Antonio Encinar. (IBMC-UMH)