Biomoléculas ON-LINE: estructura de biomoléculas y metabolismo.

El contenido de estas páginas tiene únicamente finalidad docente, están escritas en código abierto, e incluyen material desarrollado por varios autores (vér créditos) adaptado y editado bajo la responsabilidad del autor de esta página web.

Actualmente disponemos de numerosos programas que nos permiten la visualización gráfica de estructuras moleculares. La mayoría de las estructuras que podrás ver en estas páginas no requieren instalar ningún "pluging", ya que se visualizan con JSmol, y no es necesario que tengas instalado ningún software adicional. No obstante, existen alternativas modernas que cargan más rápido gracias a la aceleración por hardware WebGL.

Esta página incluye varios puntos principales sobre los que debes fijar tu atención para poder responder a las preguntas planteadas a lo largo de las diferentes páginas. La respuesta a estas cuestiones formará parte del informe de tu trabajo que entregarás al Profesor.

Debes empezar por LEER CON SUMA ATENCIÓN el tutorial sobre uso de Jmol que encontrarás en la siguiente página web. Explora todas las posibilidades que ofrece el tutorial.

1.- Aminoácidos, bases nitrogenadas y otras pequeñas moléculas

Estudio de aminoácidos, bases nitrogenadas y otras moléculas

Pág. 1

2.- Estructura secundaria y supersecundaria de proteínas

Estudio de motivos de estructura secundaria y supersecundaria
Enlace peptídico
Fuerzas moleculares
Tipos de estructura secundaria

Pág. 2
Pág. 3
Pág. 4
Pág. 5

Hélice alpha
Hélice 310
Láminas beta
Giros

Pág. 6
Pág. 7
Pág. 8
Pág. 9

3.- Estructura terciaria y cuaternaria de proteínas

Ejemplos de estructura terciaria en proteínas
Ejemplos de estructura cuaternaria en proteínas
Estructuras y modelos de canales iónicos de potasio

Pág. 10
Pág. 11
Pág. 12

4.- Estructura de ácidos nucleicos

Estructura del DNA
Interaciones DNA-proteína
Estructura del RNA
Interacción codón-anticodón
Ribozimas
Interacciones RNA-proteína
Ribosomas
¿Cómo funcionan los ribosomas?

Pág. 13
Pág. 14
Pág. 14
Pág. 15
Pág. 16
Pág. 17
Pág. 17b
Pág. 17c

5.- Estructura de lípidos

Introducción, clasificación de lípidos y vínculos a otras páginas

Pág. 18

Ácidos grasos saturados, insaturados y derivados
Eicosanoides: prostaglandinas, tromboxanos y leucotrienos
Lípidos neutros: acilgliceroles y ceras
Lípidos anfipáticos: glicerolípidos y esfingolípidos

Pág. 38
Pág. 39
Pág. 40
Pág. 41

Funciones de lípidos
Bicapas lipídicas modelo
Acceso al LIPID DATA BANK.

Pág. 19
Pág. 20

6.- Estructura de glúcidos o hidratos de carbono

Estudio de glúcidos o hidratos de carbono
Clasificación de glúcidos.
Reacciones químicas de los glúcidos.

Pág. 21
Pág. 48
Pág. 50

7.- Animated Biochemical Techniques.

Original material from Lehninger Principles of Biochemistry, 5a edición, de D. Nelson and M. Cox; 2009. ISBN: 0-7167-7108-X.

  1. SDS Gel Electrophoresis.
  2. Immunoblotting.
  3. Dideoxy Sequencing of DNA.
  4. Plasmid Cloning.
  5. Reporter Constructs.
  6. Polymerase Chain Reaction.
  7. Synthesizing an Oligonucleotide Array.
  8. Screening an Oligonucleotide Array for Patterns of Gene Expression.
  9. Yeast Two-Hybrid Systems.
  10. Creating a Transgenic Mouse.
  11. Three-Dimensional Packaging of Nuclear Chromosomes.
  12. Nucleotide Polymerization by DNA Polymerase.
  13. mRNA Splicing.
  14. Life Cycle of an mRNA.
  15. CRISPR Cas9.

8.- Animated Enzyme Mechanisms.

Original material from Lehninger Principles of Biochemistry, 5a edición, de D. Nelson and M. Cox; 2009. ISBN: 0-7167-7108-X.

  1. Chymotrypsin Mechanism.
  2. Phosphohexose Isomerase Mechanism.
  3. The Class I Aldolase Reaction.
  4. The Glyceraldehyde 3-Phosphate Dehydrogenase Reaction.
  5. The Phosphoglycerate Mutase Reaction.
  6. Alcohol Dehydrogenase Mechanism.
  7. Pyruvate Decarboxylase Mechanism.
  8. Citrate Synthase Mechanism.
  9. Isocitrate Dehydrogenase.
  10. The Role of Biotin in the Reaction Catalyzed by Pyruvate Carboxylase.
  11. Fatty-Acyl-CoA Synthetase Mechanism.
  12. Pyridoxal Phosphate Transamination.
  13. Pyridoxal Phosphate Mechanism and Racemization.
  14. Pyridoxal Phosphate Decarboxylation.
  15. Carbamoyl Phosphate Synthetase I Mechanism.
  16. Argininosuccinate Synthetase Mechanism.
  17. Serine Dehydratase Reaction.
  18. Serine Hydroxymethyltransferase Reaction.
  19. Glycine Cleavage Enzyme Reaction.
  20. Rubisco Mechanism.
  21. Tryptophan Synthase Mechanism.
  22. Thymidylate Synthase Mechanism.

9.- Graphs.

Original material from Lehninger Principles of Biochemistry, 5a edición, de D. Nelson and M. Cox; 2009. ISBN: 0-7167-7108-X.

  1. Henderson-Hasselbalch.
  2. Titration Curve for a Weak Acid.
  3. Protein-Ligand Interactions.
  4. Binding Curve for Myoglobin.
  5. Cooperative Ligand Binding.
  6. Hill Equation.
  7. Lineweaver-Burk Equation.
  8. Michaelis-Menten Equation.
  9. Competitive Inhibitor.
  10. Uncompetitive Inhibitor.
  11. Mixed Inhibitor.
  12. Free-Energy for Transport Equation.
  13. Free-Energy for Transport Graph.
  14. Free-Energy for Transport of an Ion.
  15. Free Energy Changes.
  16. Free-Energy of Hydrolysis of ATP Equation.

10.- Estructura de vitaminas

Definición y clasificación de vitaminas.
    Vitaminas liposolubles:
         Vitaminas A o retinol.
         Vitamina D.
         Vitamina E.
         Vitamina K.
    Vitaminas hidrosolubles:
         Vitamina C o ácido ascórbico.
            Complejo B:
                 Vitamina B1 o tiamina.
                 Vitamina B2 o riboflavina.
                 Vitamina B3 o ácido nicotínico o niacina o vitamina PP.
                 Vitamina B5 o ácido pantoténico.
                 Vitamina B6 o piridoxal.
                 Vitamina B8 o biotina o vitamina H.
                 Vitamina B10-11 o folacina o ácido fólico.
                 Vitamina B12.

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¡ Sustancias consideradas como vitaminas pero que no lo son !.

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11.- Base de datos de polifenoles

Phenol-Explorer.eu

12.- Metabolismo y procesos biológicos

Metabolismo y procesos biológicos.
Visualización de procesos biológicos: metabolismo.
Visualización de procesos biológicos: proteínas.
Visualización de procesos biológicos: información genética.
Visualización de procesos biológicos: la célula.
Técnicas de Bioquímica y de Biología Molecular.
3-D Animation Library.

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Colección de enlaces a páginas que usan Jmol.

Pág. 37

14.- Enlaces

ATLAS de HISTOLOGÍA VEGETAL y ANIMAL. Depto. de Biología Funcional y Ciencias de la Salud. Facultad de Biología. Universidad de Vigo.

La página de Bioquímica Médica. Michael W. King.

15.- Créditos

Dr. Jesús M. Sanz Morales. (IBMC-UMH)

Dr. José Manuel González Mañas. (Unidad de Biofísica-UPV)

Dr. Ángel Herráez. (Universidad de Alcalá ). Material adaptado de http://biomodel.uah.es/model1j/. Se permite su utilización de acuerdo con la Licencia Creative Commons Reconocimiento-NoComercial-CompartirIgual.

Dra. Pilar Roca. (Universitat de les Illes Baleares)

Dr. Miguel Calvo. (Univ. de Zaragoza)

Dr. Gregorio Fernández-Ballester. (IBMC-UMH)

Dr. José Antonio Encinar. (IBMC-UMH)